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1. GPU集群下第一原理非局部映射势能计算
付继芸 贾伟乐 曹宗雁 王龙 叶煌 迟学斌
计算机应用    2013, 33 (06): 1540-1552.   DOI: 10.3724/SP.J.1087.2013.01540
摘要1119)      PDF (793KB)(667)    收藏
平面波赝势密度泛函(PWP-DFT)计算是材料计算中应用最广泛的方法,其中映射计算是PWP-DFT方法求解自洽迭代中重要的一部分。针对映射势能计算成为软件加速的瓶颈,提出了针对该部分的图形处理器(GPU)加速算法,其中考虑GPU的特点:1)使用了新的并行机制求解非局部映射势能;2)重新设计了数据分布结构;3)减少内存的使用;4)提出了一种解决算法中数据相关问题的方法。最终获得了18~57倍加速,使每步分子动力学模拟最终降为12s。详细分析了该模块在GPU平台上的测试时间,同时对该算法在GPU集群上的计算瓶颈进行了讨论。
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2. 基于RMI的高性能计算网格二次开发模型
曹荣强 曹宗雁 迟学斌 肖海力
计算机应用    2010, 30 (9): 2526-2529.  
摘要1394)      PDF (669KB)(1038)    收藏
根据高性能计算和网格的特点,提出一种网格二次开发模型(GRM)。结合RMI和SSL/TLS技术,该模型提供了访问中间件的一致性接口,屏蔽了通过网络访问网格的繁杂问题,解决了敏感数据在不安全的广域网中传输的问题。以科学计算网格的中间件为基础,实现了GRM。多个基于GRM的用户接口开发经历和实验结果表明,GRM为开发人员提供了一个简单易用和功能全面的开发模型,而且具有良好的性能和可移植性。
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